Sự phân tách cột chất lưu là hiện tượng có thể xảy ra trong lúc hiện tượng búa nước diễn ra. Nếu áp suất trong đường ống giảm xuống dưới áp suất bay hơi của chất lỏng, hiện tượng sủi bong bóng sẽ xảy ra (một số phần tử chất lỏng bay hơi, tạo thành bong bóng trong đường ống, nếu áp suất gần với áp suất bay hơi). Điều này rất có thể xảy ra tại các địa điểm cụ thể như các đầu mút đường ống bị đóng kín, các cao điểm hay điểm khúc khủyu (tại vị trí có sự thay đổi trong độ dốc đường ống). Khi chất lỏng quá lạnh chảy vào không gian trước đây bị chiếm đóng bởi hơi nước thì diện tích tiếp xúc giữa hơi nước và chất lỏng tăng lên. Điều này làm cho hơi nước ngưng tụ thành chất lỏng làm giảm áp lực trong không gian chứa hơi nước. Chất lỏng ở hai bên của không gian chứa hơi nước do đó được tăng tốc độ di chuyển vào không gian này bởi sự chênh lệch áp suất. Sự va chạm của hai cột chất lỏng (hoặc một cột chất lỏng nếu ở một đầu mút bị đóng kín) gây ra sự gia tăng áp lực lớn và gần như tức thời. Sự gia tăng áp lực này có thể làm hỏng thiết bị thủy lực, hệ thống đường ống và kết cấu hỗ trợ. Nhiều lần lặp đi lặp lại của sự tạo thành và nổ vỡ bong bóng có thể xảy ra trong cùng một sự kiện nước búa duy nhất.[12]